12 अप्रैल 2012 को थाने के पूर्वी जादवपुर पुलिस ने उनका प्राथमिकी दर्ज किया और बाद में उन्हें गिरफ्तार कर लिया। महापात्रा ने कहा कि उनकी लड़ाई हर तरह के अत्याचार के खिलाफ है। अलीपुर जिला न्यायालय ने न्यायालय से प्राध्यापक को आपराधिक मामले से मुक्त करने के आदेश दिए।

ममता बनर्जी और मुकुल रॉय के बारे में कथित तौर पर मानहानिकारक कार्टून आगे करने के आरोप में गिरफ्तार जादवपुर विश्वविद्यालय के प्रोफेसर अंबिकेश महापात्रा को 11 साल की कानूनी लड़ाई के बाद मामले में भारी कर दिया गया। 12 अप्रैल 2012 को थाने के पूर्वी जादवपुर पुलिस ने उनका प्राथमिकी दर्ज किया और बाद में उन्हें गिरफ्तार कर लिया। महापात्रा ने कहा कि उनकी लड़ाई हर तरह के अत्याचार के खिलाफ है। अलीपुर जिला न्यायालय ने न्यायालय से प्राध्यापक को आपराधिक मामले से मुक्त करने के आदेश दिए।

प्रोफेसर ने कहा कि बंगाल सरकार, पुलिस प्रशासन और सत्ता पक्ष के गुंडों द्वारा सरकार के खिलाफ किसी भी तरह की आवाज को रोकने के लिए एक तरह की साजिश थी। महापात्रा पर राज्य सरकार द्वारा सूचना प्रौद्योगिकी अधिनियम की धारा 66ए और भारतीय दंड संहिता की धारा के तहत आरोप लगाए गए थे। महापात्रा और हाउसिंग कॉम्प्लेक्स के अफेयर्स सेक्रेटरी सुब्रत सेनगुप्ता को पुलिस ने गिरफ्तार कर लिया प्रौद्योगिकी और सूचना अधिनियम (आईटी ऐक्ट), 2000 की धारा 66ए के तहत मामला दर्ज किया।